Im ursprünglichen Sinne meint „Materie“ eine „stoffliche Substanz“. So waren bis etwa um die Jahrhundertwende die Begriffe „Materie“ und „Stoff“ identisch, wobei man unter dem „Stoff“ die Atome bzw. Moleküle der chemischen Elemente verstand, die als die kleinsten Bausteine der Materie angesehen wurden. Später erfuhr der Materiebegriff eine Präzisierung, wonach Materie alles objektiv Existierende ist, das wiederholbare Wirkungen zeigt und messtechnisch nachgewiesen werden kann.
Mit der Entdeckung der Radioaktivität und
des Atomzerfalls und der damit verbundenen Erkenntnis, dass Materie sich in Energie auflösen konnte, geriet diese Definition ins Wanken.
In der heutigen Physik gibt es für die Materie im Gegensatz zu Objekten wie Feldern oder Größen wie Masse und Energie keine allgemein akzeptierte Definition. Als empirische Wissenschaft sieht sie die Existenz der Materie aber durch Beobachtungen als belegt an. Ihr Arbeitsprogramm hinsichtlich der Materie besteht darin, die Eigenschaften und den Aufbau der Materie sowie ihre Bewegung im Raum durch Experimente genau zu untersuchen und diese mithilfe von in sich konsistenten Theorien zu beschreiben und zu erklären. Im Rahmen der Kosmologie beschäftigt sie sich auch mit der Frage nach ihrer Entstehung.
Zum Verständnis chemischer Vorgänge genügen auch heute noch weitgehend die Erkenntnisse des frühen 20. Jahrhunderts vom Aufbau der Stoffe aus Atomen und Molekülen. Das gilt im Grundsatz auch für die moderne Biologie, die sich beispielsweise mit Fragen im Zusammenhang von belebter und unbelebter Materie (Gentechnik) auseinandersetzt.